El primer tipo de analysis que hacemos es siempre de tipo exploratorio. Una primera cosa que queremos comprobar es sobre los datos en si. Cuantas secuencias por muestra, cuantas de ellas tienen un resultado util en BLAST

library(tidyverse)
library(here)
library(eDNAfuns)
library(vegan)
library(kableExtra)

Profundidad de la secuenciación

Una primera medida nos la dio el numero de secuencias que pasaron el control de calidad inicial de la secuenciación. En el primer cutadapt contamos las lineas de cada archivo, y en formato fastq hay 4 líneas por secuencia.

$ wc -l pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_*fq
5159360 pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_Euk_1209_R.fq 
7332792 pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_Euk_18S_A.fq
2637012 pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_unknown.fq
15129164 total 

Así que nuestra secuenciación produjo 3.8M secuencias de calidad suficiente.

demult <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "demult_success.csv"))
amplicons <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "demult_amplicons.csv"))
centroid_table <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "centroid_table.csv"))
taxa_good_id <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "taxa_table.csv"))
not_ided <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "unknown_taxa.csv"))

metadata <- read_csv(here("metadata_GTABE.csv")) |> 
  select(Site, barcode = Barcode, everything())

De esas secuencias, conseguimos demultiplexar 1.7M secuencias con su producto de pcr correctamente, que agrupamos en 8081 clusteres al 85% de similitud.

De estos clusteres, 6420 no tuvieron ningun match en nuestra asignación taxonómica, y nuestro dataset final contiene 367.7k secuencias agrupadas en 225 taxa.

taxa_good_id |> 
  group_by(barcode) |>
  tally(wt = nReads, name = "IDed") |> 
  inner_join(not_ided |> group_by(barcode) |> tally(wt = nReads, name = "NotIDed")) |> 
  pivot_longer(-barcode, names_to = "Identification", values_to = "nReads") |> 
  inner_join(metadata) |> 
  ggplot(aes(x= Sample, y =nReads, fill = Identification))+
  geom_col()+
  facet_wrap(~Site,scales = "free_x", nrow = 1) #+
## Joining with `by = join_by(barcode)`
## Joining with `by = join_by(barcode)`

  # theme(axis.text.x = element_text(angle = 45))

Otra cosa que debemos hacer es comprobar que nuestras réplicas de PCR son similares entre sí: nos sirve como control de calidad, al saber que nuestro proceso ha respetado la realidad de la muestra biológica. Lo podemos comprobar a dos niveles: centroides de las OTUs y con el subset de datos con información taxonómica

centroid_table |> 
  eDNAindex(Sample_column = barcode, OTU_column = Centroid, Counts_column = nReads) |> 
  tibble_to_matrix(taxon = Centroid, Abundance = Normalized.reads, sample.name = barcode, transformation = "none") |> 
  monoMDS() -> centroid_nmds
## Cargando paquete requerido: rlang
## 
## Adjuntando el paquete: 'rlang'
## The following objects are masked from 'package:purrr':
## 
##     %@%, flatten, flatten_chr, flatten_dbl, flatten_int, flatten_lgl,
##     flatten_raw, invoke, splice
## [1] "Calculating eDNAindex directly"
## Joining with `by = join_by(barcode, Centroid)`
centroid_nmds$points |> 
  as.data.frame() |> 
  rownames_to_column("barcode") |> 
  inner_join(metadata) |> 
  ggplot(aes(x = MDS1, y = MDS2, color = Site)) +
  geom_point()+
  coord_equal()
## Joining with `by = join_by(barcode)`

Y lo mismo con las cosas identificadas taxonomicamente

taxa_good_id |> 
  eDNAindex(Sample_column = barcode, OTU_column = consensus, Counts_column = nReads) |> 
  tibble_to_matrix(taxon = consensus, Abundance = Normalized.reads, sample.name = barcode, transformation = "none") |> 
  monoMDS() -> taxa_nmds
## [1] "Calculating eDNAindex directly"
## Joining with `by = join_by(barcode, consensus)`
taxa_nmds$points |> 
  as.data.frame() |> 
  rownames_to_column("barcode") |> 
  inner_join(metadata) |> 
  ggplot(aes(x = MDS1, y = MDS2, color = Site)) +
  geom_point()+
  coord_equal()
## Joining with `by = join_by(barcode)`

Asi que al menos estas cosas se parecen entre ellas :). Probablemente la muestra de Bustarviejo que aparece en la parte de abjo del MDS sea la que tenga tan pocas secuencias que ni siquiera sea representativa.

En este caso no tenemos una pregunta biológica/ecológica mas allá de la caracterización de los sitios. Con el tiempo estableceremos una serie temporal que estudiantes de años venideros podrán usar en este mismo Máster.

Ahora vamos a usar esta información para describir cada uno de los sitios en los que hemos muestreado (hemos, hemos… la verdad es que fue Belén la que muestreó). Belén nos describe aquí los sitios

Bustarviejo:

Es un arroyo que sale de la bocamina principal de una antigua mina de plata en el término municipal, pero fuera de la población. El agua salía de la bocamina a pH 4, con niveles no altísimos, pero apreciables, de metales (hierro, níquel, cobre, y un poco de plomo y plata), y bastante arsénico, que se detecta en realidad más abajo, cuando caen los niveles de Fe. En el arroyo, según baja, salen bastantes juncos y ciperáceas. Sin embargo, los briófitos se ven dañados. Al principio no hay casi ninguno, y luego salen comunidades de 1-2 especies. Eso sí, salen unas euglenas de escándalo, junto con otras algas indicadoras de metales pesados, como Ulothrix y Microspora.

Bustarviejo
Bustarviejo
taxa_good_id |> 
  inner_join(metadata) |> 
  filter (Site == "Bustarviejo") |> 
  filter (Sample!= "Site_01_a_rep3") |> 
  group_by(consensus ) |> 
  summarise(prevalence = n()/5, nR = sum(nReads)) |> 
  arrange (desc(consensus)) |> 
  separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |> 
  kable() |> 
  kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |> 
  collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |> 
  scroll_box(height = "500px")
kingdom phylum class order family genus species prevalence nR
Viridiplantae Streptophyta Pinopsida Pinales Pinaceae Pinus Pinus elliottii 0.6 6
Pinopsida NA NA NA NA 0.6 10
NA NA NA NA NA 1.0 109
Marchantiopsida Marchantiales Aytoniaceae Reboulia Reboulia hemisphaerica 0.2 4
Magnoliopsida NA NA NA NA 0.4 2
Magnoliopsida Cucurbitales Cucurbitaceae Cephalopentandra Cephalopentandra ecirrhosa 0.6 41
Klebsormidiophyceae Klebsormidiales NA Streptofilum Streptofilum capillatum 0.2 1
NA NA NA NA NA NA 0.8 545
Chlorophyta Ulvophyceae Ulotrichales Ulotrichaceae Ulothrix Ulothrix zonata 0.4 3
Ulvophyceae Ulotrichales NA NA NA 0.6 27
Ulvophyceae NA NA NA NA 0.8 21
Trebouxiophyceae Trebouxiales Trebouxiaceae Myrmecia Myrmecia biatorellae 0.4 9
Trebouxiophyceae NA NA NA NA 0.6 5
NA NA NA NA NA 1.0 7432
Chlorophyceae Sphaeropleales Selenastraceae Kirchneriella Kirchneriella obesa 0.6 6
Chlorophyceae NA NA NA NA 1.0 1170
Chlorophyceae Chlamydomonadales Volvocaceae Hamakko Hamakko caudatus 0.8 17
Chlorophyceae Chlamydomonadales Spondylomoraceae Pascherina Pascherina tetras 0.2 1
Chlorophyceae Chlamydomonadales NA NA NA 1.0 153647
Chlorophyceae Chlamydomonadales NA Coleochlamys Coleochlamys oleifera 1.0 839
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae Chlamydomonas Chlamydomonas noctigama 0.8 997
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae Carteria Carteria radiosa 1.0 58
NA Tubulinea Elardia Euamoebida Amoebidae Chaos Chaos carolinense 0.6 12
NA Ichthyosporea Ichthyophonida NA Anurofeca Anurofeca richardsi 0.2 1
Dinophyceae NA NA NA NA 1.0 148
Dinophyceae Gymnodiniales Gymnodiniaceae NA NA 0.2 1
Dinophyceae Gonyaulacales Ceratiaceae Ceratium Ceratium hirundinella 0.4 5
Cryptophyceae Pyrenomonadales NA NA NA 1.0 17
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae NA NA 0.4 3
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae Geminigera Geminigera cryophila 1.0 57
Cryptophyceae Pyrenomonadales Chroomonadaceae Komma Komma caudata 0.6 4
Cryptophyceae NA NA Urgorri Urgorri complanatus 0.4 3
Cryptophyceae NA NA NA NA 1.0 49
Cryptophyceae Kathablepharidacea Katablepharidaceae Leucocryptos Leucocryptos marina 0.2 1
Cryptophyceae Cryptomonadales Hemiselmidaceae Hemiselmis Hemiselmis rufescens 0.4 2
Cryptophyceae Cryptomonadales Cryptomonadaceae Cryptomonas Cryptomonas pyrenoidifera 1.0 217
Chrysophyceae NA NA NA NA 0.6 64
Chrysophyceae Hydrurales Hydruraceae Chrysonebula Chrysonebula flava 0.4 2
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas longispina 0.2 1
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas imperforata 0.4 5
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas bandaiensis 0.2 44
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas NA 0.2 1
Chrysophyceae Chromulinales NA NA NA 0.4 2
Chrysophyceae Chromulinales Dinobryaceae Dinobryon Dinobryon sertularia 0.4 4
Chrysophyceae Chromulinales Chrysolepidomonadaceae Chrysolepidomonas Chrysolepidomonas dendrolepidota 0.2 5
Chrysophyceae Chromulinales Chromulinaceae Ochromonas Ochromonas tuberculata 0.6 10
Chrysophyceae Chromulinales Chromulinaceae Cyclonexis Cyclonexis annularis 0.2 51
Choanoflagellata Craspedida Salpingoecidae Monosiga Monosiga ovata 0.2 12
Choanoflagellata Acanthoecida Stephanoecidae Diaphanoeca Diaphanoeca grandis 0.2 5
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Nerada Nerada mexicana 0.4 79
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae NA NA 0.6 16
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Filos Filos agilis 0.2 1
Bigyra Bicosoecida NA NA NA 0.2 1
Bigyra Bicosoecida Bicosoecidae Bicosoeca Bicosoeca petiolata 0.2 1
Haptophyta NA Prymnesiales NA Chrysocampanula Chrysocampanula spinifera 0.2 4
Euglenozoa Kinetoplastea Neobodonida NA Neobodo Neobodo designis 0.4 2
Kinetoplastea NA NA NA NA 0.6 74
Euglenida Petalomonadida Scytomonadidae Petalomonas Petalomonas sphagnophila 0.2 37
Euglenida NA NA NA NA 0.6 149
Euglenida Euglenales Phacaceae Phacus Phacus mariae 1.0 9
Euglenida Euglenales NA NA NA 1.0 116
Endomyxa NA Vampyrellida Leptophryidae Vernalophrys Vernalophrys algivore 0.6 6
NA Vampyrellida Leptophryidae NA NA 0.2 4
NA Vampyrellida Leptophryidae Arachnula Arachnula impatiens 0.2 1
Discosea Flabellinia Dactylopodida Paramoebidae Korotnevella Korotnevella stella 0.2 2
Ciliophora Spirotrichea Urostylida Urostylidae Uroleptus Uroleptus stueberi 0.2 1
Spirotrichea Stichotrichida Parabirojimidae Parabirojimia Parabirojimia similis 1.0 183
Spirotrichea Stichotrichida Parabirojimidae Parabirojimia NA 0.2 1
Spirotrichea Stichotrichida Epiclintidae Epiclintes Epiclintes auricularis 0.2 2
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae Oxytricha Oxytricha paragranulifera 0.4 7
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae NA NA 0.2 6
Spirotrichea NA Strombidiidae Strombidium Strombidium paracapitatum 0.2 1
Spirotrichea NA Strombidiidae NA NA 0.6 51
Spirotrichea NA Strombidiidae Limnostrombidium Limnostrombidium viride 0.8 28
Spirotrichea NA NA NA NA 1.0 2126
Spirotrichea Euplotida Euplotidae Euplotes NA 0.2 1
Spirotrichea Euplotida Euplotidae Euplotes Euplotes eurystomus 0.4 6
Prostomatea Prorodontida Colepidae Coleps Coleps spetai 0.6 5
Oligohymenophorea Pleuronematida Cyclidiidae Protocyclidium Protocyclidium sinica 0.2 12
Oligohymenophorea Peniculida Parameciidae Paramecium Paramecium bursaria 0.2 3
Oligohymenophorea Peniculida Lembadionidae Lembadion Lembadion bullinum 0.4 3
NA NA NA NA NA 0.6 46
Litostomatea Haptorida NA NA NA 0.2 1
Armophorea Metopida Apometopidae Urostomides Urostomides striatus 0.4 4
Cercozoa Thecofilosea Cryomonadida NA NA NA 0.2 2
Imbricatea Spongomonadida Spongomonadidae Spongomonas Spongomonas minima 0.2 4
Imbricatea NA NA NA NA 0.4 2
Bacillariophyta NA NA NA NA NA 0.8 17
Fragilariophyceae Licmophorales Ulnariaceae Ulnaria NA 0.2 2
Coscinodiscophyceae Thalassiosirales NA NA NA 0.2 1
Bacillariophyceae Naviculales Naviculaceae Navicula NA 0.2 1
Bacillariophyceae Naviculales Naviculaceae NA NA 0.4 4
Bacillariophyceae NA NA NA NA 0.2 1
Bacillariophyceae Cocconeidales Achnanthidiaceae Lemnicola Lemnicola hungarica 0.4 4
Bacillariophyceae Bacillariales Bacillariaceae Nitzschia Nitzschia dissipata 0.2 1
Apicomplexa Conoidasida Eugregarinorida Gregarinidae Gregarina Gregarina blattarum 0.2 1
Metazoa Rotifera Eurotatoria Ploima Proalidae Proales Proales similis 0.2 1
Platyhelminthes Catenulida NA Stenostomidae Stenostomum NA 0.8 13
Nematoda Enoplea Triplonchida Tobrilidae NA NA 0.2 1
Chromadorea Plectida Plectidae NA NA 0.8 2390
NA NA NA NA NA NA 0.8 87
Mollusca Cephalopoda NA NA NA NA 0.2 3
Gastrotricha NA Chaetonotida NA NA NA 0.2 1
NA Chaetonotida Chaetonotidae NA NA 0.2 1
Chordata NA NA NA NA NA 0.6 28
Mammalia Eulipotyphla Erinaceidae Erinaceus Erinaceus europaeus 0.2 13
Arthropoda NA NA NA NA NA 0.4 7
Insecta NA NA NA NA 0.6 28
Hexanauplia NA NA NA NA 0.2 1
Collembola Symphypleona Sminthurididae Sminthurides Sminthurides aquaticus 1.0 122
Collembola NA NA NA NA 1.0 745
Branchiopoda Diplostraca NA NA NA 1.0 10
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae Chydorus Chydorus sphaericus 0.2 4
Branchiopoda Diplostraca Bosminidae Bosmina Bosmina longirostris 0.4 35
Arachnida Trombidiformes Demodicidae Demodex Demodex folliculorum 0.2 1
Arachnida NA NA NA NA 0.6 7
Annelida Clitellata Tubificida Naididae NA NA 0.4 48
Clitellata NA NA NA NA 0.4 3
Fungi Zoopagomycota Zoopagomycetes Zoopagales Zoopagaceae Acaulopage Acaulopage tetraceros 0.2 36
NA NA NA NA NA NA 1.0 434
Basidiomycota Tremellomycetes Trichosporonales Trichosporonaceae Cutaneotrichosporon Cutaneotrichosporon curvatum 0.2 3
Tremellomycetes NA NA NA NA 0.8 123
NA NA NA NA NA 1.0 75
Agaricomycetes NA NA NA NA 0.6 32
Ascomycota Saccharomycetes Saccharomycetales NA NA NA 0.4 5
NA NA NA NA NA 0.8 20

Cantera de Cerceda:

La antigua cantera está cerca de El Boalo. Está rellena de agua, y suele dar buena “cosecha algal”. Está pegada a una urbanización (Las Praderas), y por ahí van los lugareños a pasear el perro. También los ves en la cantera merendando e incluso pescando. En una de las fotos, de hecho, se ve un pescador con su caña.

Cerceda
Cerceda
taxa_good_id |> 
  inner_join(metadata) |> 
  filter (Site == "Cantera_Cerceda") |> 
  group_by(consensus ) |> 
  summarise(prevalence = n()/6, nR = sum(nReads)) |> 
  arrange (desc(consensus)) |> 
  separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |> 
  kable() |> 
  kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |> 
  collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |> 
  scroll_box(height = "500px")
kingdom phylum class order family genus species prevalence nR
Viridiplantae Streptophyta Zygnemophyceae Zygnematales Mesotaeniaceae Tortitaenia Tortitaenia obscura 0.3333333 2
Zygnemophyceae NA NA NA NA 0.1666667 1
Pinopsida Pinales Pinaceae Pinus Pinus elliottii 0.3333333 17
NA NA NA NA NA 0.5000000 4
Marchantiopsida Marchantiales Aytoniaceae Reboulia Reboulia hemisphaerica 0.1666667 1
Klebsormidiophyceae Klebsormidiales NA Streptofilum Streptofilum capillatum 0.8333333 21
Bryopsida Hypnales Fontinalaceae Fontinalis Fontinalis antipyretica 0.1666667 9
NA NA NA NA NA NA 1.0000000 198
Chlorophyta Ulvophyceae Ulotrichales Ulotrichaceae Ulothrix Ulothrix zonata 1.0000000 426
Ulvophyceae Ulotrichales NA NA NA 1.0000000 294
Ulvophyceae NA NA NA NA 1.0000000 2171
Trebouxiophyceae NA NA NA NA 0.5000000 4
Trebouxiophyceae Chlorellales NA NA NA 0.3333333 2
NA NA NA NA NA 1.0000000 1350
Chlorophyceae Sphaeropleales Selenastraceae Monoraphidium NA 0.1666667 2
Chlorophyceae Sphaeropleales Selenastraceae Kirchneriella Kirchneriella obesa 0.3333333 3
Chlorophyceae Sphaeropleales Neochloridaceae Neochloris Neochloris aquatica 1.0000000 1234
Chlorophyceae NA NA NA NA 1.0000000 18
Chlorophyceae Chlamydomonadales Spondylomoraceae Pascherina Pascherina tetras 0.1666667 1
Chlorophyceae Chlamydomonadales NA NA NA 1.0000000 293
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae NA NA 0.1666667 1
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae Carteria Carteria radiosa 0.5000000 5
NA Oomycota NA NA NA NA NA 1.0000000 33
NA Synurophyceae Synurales Mallomonadaceae Mallomonas NA 0.1666667 1
NA NA Alphamonaceae Alphamonas Alphamonas edax 0.5000000 4
Dinophyceae NA NA NA NA 1.0000000 1012
Dinophyceae Gonyaulacales Ceratiaceae Ceratium NA 1.0000000 41
Dinophyceae Gonyaulacales Ceratiaceae Ceratium Ceratium hirundinella 0.5000000 5
Cryptophyceae Pyrenomonadales Pyrenomonadaceae Rhodomonas Rhodomonas maculata 1.0000000 65
Cryptophyceae Pyrenomonadales NA NA NA 1.0000000 40
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae Teleaulax Teleaulax amphioxeia 1.0000000 94
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae NA NA 0.1666667 3
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae Geminigera Geminigera cryophila 1.0000000 26
Cryptophyceae NA NA Urgorri Urgorri complanatus 1.0000000 2602
Cryptophyceae NA NA NA NA 1.0000000 948
Cryptophyceae Kathablepharidacea Katablepharidaceae NA NA 0.1666667 1
Cryptophyceae Cyathomonadacea Goniomonadaceae Goniomonas Goniomonas pacifica 0.6666667 8
Cryptophyceae Cryptomonadales Hemiselmidaceae Hemiselmis Hemiselmis virescens 0.1666667 1
Cryptophyceae Cryptomonadales Hemiselmidaceae Hemiselmis Hemiselmis rufescens 0.3333333 46
Cryptophyceae Cryptomonadales Cryptomonadaceae Cryptomonas Cryptomonas pyrenoidifera 1.0000000 555
Chrysophyceae NA NA NA NA 1.0000000 33
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas longispina 0.1666667 2
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas imperforata 0.5000000 3
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas bandaiensis 0.8333333 56
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas NA 0.1666667 1
Chrysophyceae Chromulinales Oikomonadaceae Oikomonas Oikomonas mutabilis 0.1666667 29
Chrysophyceae Chromulinales NA NA NA 0.5000000 13
Chrysophyceae Chromulinales Chrysolepidomonadaceae Chrysolepidomonas Chrysolepidomonas dendrolepidota 1.0000000 65
Chrysophyceae Chromulinales Chromulinaceae Ochromonas Ochromonas tuberculata 1.0000000 521
Chrysophyceae Chromulinales Chromulinaceae Cyclonexis Cyclonexis annularis 0.1666667 1
Choanoflagellata Craspedida Salpingoecidae Monosiga Monosiga ovata 1.0000000 22
Choanoflagellata Craspedida Salpingoecidae Codosiga Codosiga hollandica 0.1666667 7
Choanoflagellata Acanthoecida Stephanoecidae Stephanoeca Stephanoeca diplocostata 0.6666667 7
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Nerada Nerada mexicana 0.3333333 23
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae NA NA 0.1666667 2
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Filos Filos agilis 0.1666667 48
Bigyra Bicosoecida NA NA NA 0.1666667 77
Bigyra Bicosoecida Bicosoecidae Bicosoeca Bicosoeca petiolata 0.5000000 5
Euglenozoa Euglenida Petalomonadida Scytomonadidae Petalomonas Petalomonas sphagnophila 0.1666667 1
Euglenida Euglenales Phacaceae Phacus Phacus mariae 1.0000000 195
Euglenida Euglenales Phacaceae NA NA 0.1666667 1
Euglenida Euglenales NA Colacium Colacium vesiculosum 0.3333333 4
Endomyxa NA Vampyrellida Leptophryidae Vernalophrys Vernalophrys algivore 1.0000000 1233
NA Vampyrellida Leptophryidae Arachnula Arachnula impatiens 0.8333333 60
Ciliophora Spirotrichea Urostylida Urostylidae Uroleptus Uroleptus stueberi 0.5000000 5
Spirotrichea Stichotrichida Spirofilidae Strongylidium Strongylidium orientale 0.5000000 4
Spirotrichea Stichotrichida Parabirojimidae Parabirojimia Parabirojimia similis 1.0000000 42
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae Oxytricha Oxytricha paragranulifera 0.8333333 21
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae Oxytricha NA 0.1666667 2
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae NA NA 0.5000000 16
Spirotrichea NA Strombidiidae Novistrombidium Novistrombidium orientale 0.5000000 3
Spirotrichea NA Strombidiidae NA NA 1.0000000 2172
Spirotrichea NA Strombidiidae Limnostrombidium Limnostrombidium viride 1.0000000 2523
Spirotrichea NA NA NA NA 1.0000000 1696
Spirotrichea Euplotida Euplotidae Euplotes Euplotes eurystomus 0.5000000 7
Spirotrichea Choreotrichida NA NA NA 0.6666667 24
Prostomatea Prorodontida Colepidae NA NA 0.8333333 19
Prostomatea Prorodontida Colepidae Coleps Coleps spetai 0.5000000 9
Oligohymenophorea Sessilida NA NA NA 0.5000000 3
NA NA NA NA NA 1.0000000 151
Litostomatea Haptorida NA NA NA 0.1666667 1
Cercozoa Thecofilosea Cryomonadida Rhogostomidae Sacciforma Sacciforma sacciformis 1.0000000 158
Thecofilosea Cryomonadida Protaspidae Cryothecomonas NA 0.1666667 1
NA NA NA NA NA 0.5000000 3
NA Cercomonadida Cercomonadidae NA NA 0.3333333 4
Imbricatea NA NA NA NA 0.1666667 1
Bacillariophyta NA NA NA NA NA 1.0000000 405
Mediophyceae Cymatosirales Cymatosiraceae Brockmanniella Brockmanniella brockmannii 0.1666667 1
Fragilariophyceae NA NA NA NA 0.3333333 12
Fragilariophyceae Licmophorales Ulnariaceae Ulnaria Ulnaria ulna 0.5000000 5
Fragilariophyceae Licmophorales Ulnariaceae Ulnaria Ulnaria acus 1.0000000 238
Fragilariophyceae Licmophorales Ulnariaceae Ulnaria NA 0.6666667 19
Coscinodiscophyceae NA NA NA NA 0.8333333 17
Bacillariophyceae Naviculales Naviculaceae Navicula NA 0.6666667 4
Bacillariophyceae Naviculales Naviculaceae NA NA 1.0000000 40
Bacillariophyceae Naviculales NA NA NA 0.1666667 39
Bacillariophyceae NA NA NA NA 0.8333333 15
Bacillariophyceae Cocconeidales Achnanthidiaceae Lemnicola Lemnicola hungarica 0.1666667 2
Apicomplexa Conoidasida Archigregarinorida Selenidiidae Selenidium Selenidium terebellae 0.6666667 11
Metazoa Rotifera Eurotatoria Ploima Proalidae Proales Proales similis 0.3333333 2
Eurotatoria Ploima Brachionidae Brachionus Brachionus calyciflorus 0.1666667 1
Eurotatoria NA NA NA NA 0.6666667 16
Platyhelminthes Catenulida NA Stenostomidae Stenostomum NA 0.6666667 9
Nematoda Enoplea Triplonchida Tobrilidae Eutobrilus Eutobrilus nothus 0.1666667 1
NA NA NA NA NA NA 1.0000000 79
Gastrotricha NA Chaetonotida NA NA NA 0.3333333 7
Cnidaria Anthozoa Scleractinia Mussidae Mycetophyllia Mycetophyllia danaana 1.0000000 27
Arthropoda NA NA NA NA NA 0.5000000 120
Branchiopoda NA NA NA NA 0.1666667 1
Branchiopoda Diplostraca NA NA NA 0.3333333 2
Branchiopoda Diplostraca Macrotrichidae Acantholeberis Acantholeberis curvirostris 0.3333333 114
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae NA NA 0.5000000 33
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae Chydorus Chydorus sphaericus 0.8333333 144
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae Anchistropus Anchistropus emarginatus 0.5000000 48
Branchiopoda Diplostraca Bosminidae Bosmina Bosmina longirostris 0.3333333 41
Annelida Clitellata Tubificida Naididae NA NA 0.5000000 8
Clitellata NA NA NA NA 0.3333333 3
Clitellata Hirudinida Orobdellidae Orobdella Orobdella tsushimensis 0.1666667 30
Fungi NA NA NA NA NA NA 1.0000000 114
Mucoromycota Umbelopsidomycetes Umbelopsidales Umbelopsidaceae Umbelopsis Umbelopsis isabellina 0.1666667 1
Chytridiomycota NA NA NA NA NA 0.3333333 9
Monoblepharidomycetes Monoblepharidales Monoblepharidaceae Monoblepharis Monoblepharis insignis 0.1666667 1
Chytridiomycetes Rhizophydiales Rhizophydiaceae Rhizophydium Rhizophydium planktonicum 1.0000000 16
Chytridiomycetes Chytridiales Chytriomycetaceae Entophlyctis Entophlyctis helioformis 0.1666667 2
Basidiomycota Tremellomycetes Trichosporonales Trichosporonaceae Cutaneotrichosporon Cutaneotrichosporon curvatum 0.1666667 15
Tremellomycetes Tremellales Cuniculitremaceae Kockovaella NA 0.5000000 4
NA NA NA NA NA 0.3333333 5
Ascomycota Saccharomycetes Saccharomycetales NA NA NA 0.1666667 16
NA NA NA NA NA 0.3333333 4

Fuente de las Ermitas: Manzanares el Real

Parece que es del siglo XVI, restaurada varias veces, la última en 2021 (creo). Hay una fuente y un depósito conectados por un reguerillo.Está en la carretera que atraviesa el pueblo, en pleno casco, junto a una gasolinera. Fuente Ermitas

taxa_good_id |> 
  inner_join(metadata) |> 
  filter (Site == "Fuente de las Ermitas") |> 
  group_by(consensus ) |> 
  summarise(prevalence = n()/6, nR = sum(nReads)) |> 
  arrange (desc(consensus)) |> 
  separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |> 
  kable() |> 
  kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |> 
  collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |> 
  scroll_box(height = "500px")
## Joining with `by = join_by(barcode)`
kingdom phylum class order family genus species prevalence nR
Viridiplantae Streptophyta Pinopsida Pinales Pinaceae Pinus Pinus elliottii 0.1666667 1
NA NA NA NA NA 0.1666667 1
Klebsormidiophyceae Klebsormidiales NA Streptofilum Streptofilum capillatum 0.1666667 1
NA NA NA NA NA NA 0.3333333 57
Chlorophyta Ulvophyceae NA NA NA NA 0.3333333 2
NA NA NA NA NA 1.0000000 79
Chlorophyceae Sphaeropleales NA NA NA 0.1666667 21
Chlorophyceae NA NA NA NA 0.1666667 1
Chlorophyceae Chlamydomonadales NA NA NA 1.0000000 54
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae Chlamydomonas Chlamydomonas noctigama 0.1666667 1
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae Carteria Carteria radiosa 0.3333333 54
NA Tubulinea Elardia Euamoebida Amoebidae Chaos Chaos carolinense 0.1666667 12
NA Dinophyceae Thoracosphaerales Thoracosphaeraceae Thoracosphaera Thoracosphaera heimii 0.1666667 1
Dinophyceae NA NA NA NA 0.3333333 2
Cryptophyceae Pyrenomonadales NA NA NA 0.3333333 2
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae Teleaulax Teleaulax amphioxeia 0.1666667 1
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae Geminigera Geminigera cryophila 0.1666667 1
Cryptophyceae NA NA Urgorri Urgorri complanatus 0.1666667 2
Cryptophyceae NA NA NA NA 0.6666667 21
Cryptophyceae Kathablepharidacea Katablepharidaceae NA NA 0.1666667 4
Cryptophyceae Kathablepharidacea Katablepharidaceae Leucocryptos Leucocryptos marina 0.3333333 10
Cryptophyceae Cryptomonadales Hemiselmidaceae Hemiselmis Hemiselmis rufescens 0.1666667 78
Cryptophyceae Cryptomonadales Cryptomonadaceae Cryptomonas Cryptomonas pyrenoidifera 1.0000000 47
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas longispina 0.1666667 16
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas imperforata 0.3333333 3
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas bandaiensis 0.1666667 2
Chrysophyceae Chromulinales NA NA NA 0.8333333 32
Chrysophyceae Chromulinales Chrysolepidomonadaceae Chrysolepidomonas Chrysolepidomonas dendrolepidota 0.1666667 1
Chrysophyceae Chromulinales Chromulinaceae Ochromonas Ochromonas tuberculata 0.8333333 12
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Nerada Nerada mexicana 0.8333333 333
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Filos Filos agilis 0.5000000 19
Bigyra Bicosoecida NA NA NA 0.8333333 8
Bigyra Bicosoecida Cafeteriaceae Pseudobodo Pseudobodo tremulans 0.1666667 17
Euglenozoa Euglenida NA NA NA NA 0.1666667 1
Euglenida Euglenales Phacaceae Phacus Phacus mariae 0.5000000 48
Endomyxa NA Vampyrellida Leptophryidae Vernalophrys Vernalophrys algivore 0.1666667 1
NA Vampyrellida Leptophryidae Arachnula Arachnula impatiens 0.1666667 1
Ciliophora Spirotrichea Urostylida Urostylidae Uroleptus Uroleptus stueberi 1.0000000 87
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae Oxytricha Oxytricha paragranulifera 0.6666667 6
Spirotrichea Sporadotrichida Gonostomatidae Gonostomum Gonostomum strenuum 0.3333333 2
Spirotrichea NA Strombidiidae NA NA 0.3333333 2
Spirotrichea NA Strombidiidae Limnostrombidium Limnostrombidium viride 0.6666667 12
Spirotrichea NA NA NA NA 1.0000000 37918
Spirotrichea Euplotida Euplotidae Euplotes NA 1.0000000 56
Spirotrichea Euplotida Euplotidae Euplotes Euplotes eurystomus 0.8333333 15
Prostomatea Prorodontida Colepidae Coleps Coleps spetai 0.1666667 6
NA NA NA NA NA 0.8333333 38
Armophorea Metopida Apometopidae Urostomides Urostomides striatus 0.1666667 1
Bacillariophyta NA NA NA NA NA 0.3333333 5
Coscinodiscophyceae Thalassiosirales NA NA NA 0.3333333 6
Coscinodiscophyceae NA NA NA NA 0.1666667 1
Bacillariophyceae Naviculales Naviculaceae NA NA 0.3333333 2
Bacillariophyceae Naviculales NA NA NA 0.1666667 3
Bacillariophyceae Cocconeidales Achnanthidiaceae Lemnicola Lemnicola hungarica 0.1666667 1
Metazoa Platyhelminthes Catenulida NA Stenostomidae Stenostomum NA 0.1666667 2
Nematoda Enoplea Triplonchida Tobrilidae NA NA 0.1666667 1
NA NA NA NA NA NA 0.5000000 66
Gastrotricha NA Chaetonotida NA NA NA 0.1666667 1
Arthropoda NA NA NA NA NA 0.1666667 12
Branchiopoda Diplostraca NA NA NA 0.3333333 12
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae Oxyurella Oxyurella longicaudis 0.1666667 1
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae Chydorus Chydorus sphaericus 0.1666667 99
Annelida Clitellata Tubificida Naididae NA NA 0.3333333 3
Clitellata NA NA NA NA 0.1666667 1
Fungi NA NA NA NA NA NA 0.3333333 3
Basidiomycota Tremellomycetes Trichosporonales Trichosporonaceae Cutaneotrichosporon Cutaneotrichosporon curvatum 0.1666667 1

Pilón: Manzanares el Real

El otro pilón de Manzanares está en una vía pecuaria. En realidad, lo ves junto a la carretera, y el tránsito es constante, hay que jugarse un poco la vida para cruzar. Todo eso verde que se ve en el agua es la lenteja de agua (Lemna sp.), que estaba cubriendo toda la superficie. Aun así, salieron alguitas interesantes. Suele haber bastantes caracoles también.

Pilon Manzanares
Pilon Manzanares
taxa_good_id |> 
  inner_join(metadata) |> 
  filter (Site == "Pilon Manzanares") |> 
  group_by(consensus ) |> 
  summarise(prevalence = n()/6, nR = sum(nReads)) |> 
  arrange (desc(consensus)) |> 
  separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |> 
  kable() |> 
  kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |> 
  collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |> 
  scroll_box(height = "500px")
## Joining with `by = join_by(barcode)`
kingdom phylum class order family genus species prevalence nR
Viridiplantae Streptophyta Zygnemophyceae NA NA NA NA 0.1666667 1
Zygnemophyceae Desmidiales Closteriaceae Closterium Closterium acerosum 0.1666667 17
Polypodiopsida Salviniales Marsileaceae Marsilea Marsilea schelpeana 0.6666667 20
Pinopsida Pinales Pinaceae Pinus Pinus elliottii 0.3333333 2
NA NA NA NA NA 1.0000000 120
Marchantiopsida Sphaerocarpales Sphaerocarpaceae Sphaerocarpos Sphaerocarpos donnellii 0.3333333 8
Marchantiopsida Marchantiales Aytoniaceae Reboulia Reboulia hemisphaerica 0.1666667 1
Magnoliopsida NA NA NA NA 1.0000000 104
Magnoliopsida Alismatales Araceae NA NA 0.1666667 1
NA NA NA NA NA NA 1.0000000 698
Chlorophyta Ulvophyceae Ulotrichales Ulotrichaceae Ulothrix Ulothrix zonata 0.3333333 2
Ulvophyceae Ulotrichales NA NA NA 0.8333333 79
Ulvophyceae Scotinosphaerales Scotinosphaeraceae Scotinosphaera Scotinosphaera lemnae 1.0000000 85
Ulvophyceae NA NA NA NA 1.0000000 186
Trebouxiophyceae NA NA Picochlorum Picochlorum atomus 0.6666667 17
Trebouxiophyceae NA NA NA NA 1.0000000 896
Trebouxiophyceae Chlorellales Chlorellaceae Chlorella Chlorella sorokiniana 1.0000000 487
NA NA NA NA NA 1.0000000 1710
Chlorophyceae Sphaeropleales Selenastraceae Kirchneriella Kirchneriella obesa 1.0000000 17
Chlorophyceae Sphaeropleales Scenedesmaceae Tetradesmus Tetradesmus distendus 1.0000000 50
Chlorophyceae Sphaeropleales Scenedesmaceae Desmodesmus Desmodesmus baconii 0.1666667 2
Chlorophyceae Sphaeropleales Neochloridaceae Neochloris Neochloris aquatica 0.1666667 1
Chlorophyceae Sphaeropleales Neochloridaceae Characiopodium Characiopodium hindakii 0.8333333 16
Chlorophyceae Sphaeropleales NA NA NA 1.0000000 38
Chlorophyceae NA NA NA NA 1.0000000 269
Chlorophyceae Chlamydomonadales NA NA NA 1.0000000 252
Chlorophyceae Chlamydomonadales NA Coleochlamys Coleochlamys oleifera 0.1666667 1
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlorococcaceae Chlorococcum Chlorococcum elkhartiense 1.0000000 226
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae NA NA 0.6666667 47
Chlorophyceae Chlamydomonadales Chlamydomonadaceae Carteria Carteria radiosa 0.3333333 22
NA Rhodophyta Stylonematophyceae Stylonematales Stylonemataceae Stylonema Stylonema alsidii 0.6666667 17
Oomycota NA NA NA NA NA 1.0000000 77
NA Synurophyceae Synurales Synuraceae Chrysosphaerella Chrysosphaerella rotundata 1.0000000 118
NA Rotosphaerida Nucleariidae Nuclearia NA 1.0000000 355
NA NA Alphamonaceae Alphamonas Alphamonas edax 1.0000000 807
Ichthyosporea Ichthyophonida NA Anurofeca Anurofeca richardsi 0.8333333 17
Eustigmatophyceae Eustigmatales Monodopsidaceae Nannochloropsis NA 0.6666667 8
Eustigmatophyceae Eustigmatales Chlorobotryaceae NA NA 0.8333333 13
Dinophyceae NA NA NA NA 0.8333333 43
Dinophyceae Gonyaulacales Ceratiaceae Ceratium Ceratium hirundinella 0.1666667 1
Cryptophyceae Pyrenomonadales Pyrenomonadaceae Rhodomonas Rhodomonas maculata 0.3333333 2
Cryptophyceae Pyrenomonadales NA NA NA 1.0000000 6432
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae Teleaulax Teleaulax amphioxeia 0.1666667 76
Cryptophyceae Pyrenomonadales Geminigeraceae Geminigera Geminigera cryophila 0.1666667 1
Cryptophyceae Pyrenomonadales Chroomonadaceae Komma Komma caudata 1.0000000 134
Cryptophyceae NA NA Urgorri Urgorri complanatus 0.1666667 1
Cryptophyceae NA NA NA NA 1.0000000 139
Cryptophyceae Cryptomonadales Cryptomonadaceae Cryptomonas NA 0.8333333 59
Cryptophyceae Cryptomonadales Cryptomonadaceae Cryptomonas Cryptomonas pyrenoidifera 1.0000000 88721
Chrysophyceae Chromulinales Paraphysomonadaceae Paraphysomonas Paraphysomonas imperforata 0.1666667 1
Chrysophyceae Chromulinales NA NA NA 1.0000000 38
Chrysophyceae Chromulinales Chromulinaceae Ochromonas Ochromonas tuberculata 1.0000000 37
Chrysophyceae Chromulinales Chromulinaceae Cyclonexis Cyclonexis annularis 0.1666667 1
Choanoflagellata Craspedida Salpingoecidae Salpingoeca Salpingoeca kvevrii 0.1666667 2
Choanoflagellata Acanthoecida Stephanoecidae Stephanoeca Stephanoeca diplocostata 0.1666667 1
Bigyra NA NA NA NA 0.3333333 2
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Paramonas Paramonas globosa 0.3333333 3
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Nerada Nerada mexicana 0.6666667 11
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae NA NA 1.0000000 331
Bigyra Bicosoecida Siluaniidae Filos Filos agilis 0.8333333 47
Bigyra Bicosoecida NA NA NA 0.1666667 2
Bigyra Bicosoecida Bicosoecidae Bicosoeca Bicosoeca petiolata 1.0000000 33
Euglenozoa Euglenida Petalomonadida Scytomonadidae Petalomonas Petalomonas sphagnophila 1.0000000 111
Euglenida Petalomonadida Scytomonadidae NA NA 0.8333333 69
Euglenida Euglenales Phacaceae Phacus Phacus platyaulax 1.0000000 55
Euglenida Euglenales Phacaceae Phacus Phacus mariae 0.5000000 13
Euglenida Euglenales Phacaceae Lepocinclis Lepocinclis acus 0.1666667 119
Euglenida Euglenales NA NA NA 1.0000000 48
Endomyxa NA Vampyrellida Leptophryidae Vernalophrys Vernalophrys algivore 0.1666667 2
NA Vampyrellida Leptophryidae Arachnula Arachnula impatiens 0.6666667 20
Ciliophora Spirotrichea Urostylida Urostylidae Uroleptus Uroleptus stueberi 0.3333333 2
Spirotrichea Stichotrichida NA NA NA 1.0000000 74
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae Oxytricha Oxytricha paragranulifera 1.0000000 66
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae NA NA 0.6666667 15
Spirotrichea Sporadotrichida Oxytrichidae Cyrtohymena Cyrtohymena citrina 1.0000000 14
Spirotrichea Sporadotrichida Gonostomatidae Gonostomum Gonostomum strenuum 0.1666667 1
Spirotrichea NA Strombidiidae NA NA 0.8333333 12
Spirotrichea NA Strombidiidae Limnostrombidium Limnostrombidium viride 0.8333333 22
Spirotrichea NA NA NA NA 1.0000000 1841
Spirotrichea Euplotida Euplotidae Euplotes NA 0.1666667 1
Spirotrichea Euplotida Euplotidae Euplotes Euplotes eurystomus 0.5000000 13
Prostomatea Prorodontida Colepidae NA NA 0.1666667 1
Prostomatea Prorodontida Colepidae Coleps Coleps spetai 0.5000000 10
Phyllopharyngea Chlamydodontida Chilodonellidae Chilodonella Chilodonella uncinata 1.0000000 166
Oligohymenophorea Peniculida Parameciidae Paramecium Paramecium bursaria 0.8333333 24
Oligohymenophorea Peniculida NA NA NA 0.3333333 6
NA NA NA NA NA 1.0000000 48
Litostomatea NA NA NA NA 0.3333333 3
Litostomatea Haptorida NA NA NA 1.0000000 27
Bacillariophyta NA NA NA NA NA 1.0000000 480
Coscinodiscophyceae Thalassiosirales Thalassiosiraceae Stephanocyclus Stephanocyclus meneghinianus 0.6666667 13
Coscinodiscophyceae Thalassiosirales NA NA NA 0.3333333 4
Coscinodiscophyceae NA NA NA NA 1.0000000 188
Bacillariophyceae Naviculales Naviculaceae Navicula NA 1.0000000 619
Bacillariophyceae Naviculales Naviculaceae NA NA 1.0000000 615
Bacillariophyceae Naviculales NA NA NA 1.0000000 179
Bacillariophyceae Naviculales Amphipleuraceae Frustulia Frustulia crassinervia 0.1666667 1
Bacillariophyceae NA NA NA NA 1.0000000 797
Bacillariophyceae Cocconeidales Achnanthidiaceae Lemnicola Lemnicola hungarica 1.0000000 1418
Apicomplexa Conoidasida NA NA NA NA 0.5000000 8
Conoidasida Eugregarinorida Gregarinidae Gregarina Gregarina blattarum 0.8333333 18
Conoidasida Eugregarinorida Gregarinidae Amoebogregarina Amoebogregarina nigra 0.5000000 3
Conoidasida Eucoccidiorida Cryptosporidiidae Cryptosporidium Cryptosporidium baileyi 0.3333333 5
Metazoa Rotifera Eurotatoria Ploima Proalidae Proales Proales similis 1.0000000 2155
Eurotatoria NA NA NA NA 1.0000000 65
Platyhelminthes Catenulida NA Stenostomidae Stenostomum Stenostomum bryophilum 1.0000000 45
Catenulida NA Stenostomidae Stenostomum NA 1.0000000 9938
Nematoda Enoplea Triplonchida Tobrilidae Tobrilus Tobrilus gracilis 0.1666667 1
Enoplea Triplonchida Tobrilidae NA NA 1.0000000 367
Enoplea Triplonchida Tobrilidae Eutobrilus Eutobrilus nothus 0.3333333 6
Chromadorea Plectida Plectidae NA NA 0.5000000 3
NA NA NA NA NA NA 1.0000000 4782
Gastrotricha NA Chaetonotida NA NA NA 0.6666667 9
NA Chaetonotida Chaetonotidae NA NA 0.1666667 2
Cnidaria Anthozoa NA NA NA NA 0.6666667 10
Chordata NA NA NA NA NA 0.1666667 1
Arthropoda Ostracoda Podocopida Cyprididae Cypridopsis NA 1.0000000 55
NA NA NA NA NA 1.0000000 458
Malacostraca Mysida Mysidae Archaeomysis Archaeomysis japonica 0.5000000 3
Collembola NA NA NA NA 0.1666667 1
Branchiopoda Diplostraca NA NA NA 1.0000000 457
Branchiopoda Diplostraca Macrotrichidae Acantholeberis Acantholeberis curvirostris 0.1666667 1
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae NA NA 0.1666667 1
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae Chydorus Chydorus sphaericus 0.1666667 1
Branchiopoda Diplostraca Chydoridae Anchistropus Anchistropus emarginatus 0.1666667 1
Branchiopoda Diplostraca Bosminidae Bosmina Bosmina longirostris 0.1666667 1
Arachnida Trombidiformes Demodicidae Demodex Demodex folliculorum 0.8333333 10
Annelida Clitellata Tubificida Naididae NA NA 1.0000000 488
Clitellata Tubificida Naididae Dero Dero digitata 0.8333333 59
Clitellata NA NA NA NA 1.0000000 1325
Fungi Zoopagomycota Entomophthoromycetes Entomophthorales Entomophthoraceae Furia Furia neopyralidarum 0.5000000 8
NA NA NA NA NA NA 1.0000000 1099
Basidiomycota Tremellomycetes NA NA NA NA 0.1666667 2
NA NA NA NA NA 1.0000000 30
Microbotryomycetes NA NA NA NA 0.1666667 1
Ascomycota Saccharomycetes Saccharomycetales NA NA NA 0.5000000 6
NA NA NA NA NA 1.0000000 373