Exploratory Analysis
Ramón Gallego, David Buckley, Belén Estébanez
2024-12-10
El primer tipo de analysis que hacemos es siempre de tipo exploratorio. Una primera cosa que queremos comprobar es sobre los datos en si. Cuantas secuencias por muestra, cuantas de ellas tienen un resultado util en BLAST
library(tidyverse)
library(here)
library(eDNAfuns)
library(vegan)
library(kableExtra)Profundidad de la secuenciación
Una primera medida nos la dio el numero de secuencias que pasaron el control de calidad inicial de la secuenciación. En el primer cutadapt contamos las lineas de cada archivo, y en formato fastq hay 4 líneas por secuencia.
$ wc -l pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_*fq
5159360 pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_Euk_1209_R.fq
7332792 pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_Euk_18S_A.fq
2637012 pipeline_output/demult_20241209_1113/demult_unknown.fq
15129164 total Así que nuestra secuenciación produjo 3.8M secuencias de calidad suficiente.
demult <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "demult_success.csv"))
amplicons <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "demult_amplicons.csv"))
centroid_table <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "centroid_table.csv"))
taxa_good_id <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "taxa_table.csv"))
not_ided <- read_csv(here("Data", "blast_2024_12_09", "unknown_taxa.csv"))
metadata <- read_csv(here("metadata_GTABE.csv")) |>
select(Site, barcode = Barcode, everything())De esas secuencias, conseguimos demultiplexar 1.7M secuencias con su producto de pcr correctamente, que agrupamos en 8081 clusteres al 85% de similitud.
De estos clusteres, 6420 no tuvieron ningun match en nuestra asignación taxonómica, y nuestro dataset final contiene 367.7k secuencias agrupadas en 225 taxa.
taxa_good_id |>
group_by(barcode) |>
tally(wt = nReads, name = "IDed") |>
inner_join(not_ided |> group_by(barcode) |> tally(wt = nReads, name = "NotIDed")) |>
pivot_longer(-barcode, names_to = "Identification", values_to = "nReads") |>
inner_join(metadata) |>
ggplot(aes(x= Sample, y =nReads, fill = Identification))+
geom_col()+
facet_wrap(~Site,scales = "free_x", nrow = 1) #+## Joining with `by = join_by(barcode)`
## Joining with `by = join_by(barcode)`
# theme(axis.text.x = element_text(angle = 45))Otra cosa que debemos hacer es comprobar que nuestras réplicas de PCR son similares entre sí: nos sirve como control de calidad, al saber que nuestro proceso ha respetado la realidad de la muestra biológica. Lo podemos comprobar a dos niveles: centroides de las OTUs y con el subset de datos con información taxonómica
centroid_table |>
eDNAindex(Sample_column = barcode, OTU_column = Centroid, Counts_column = nReads) |>
tibble_to_matrix(taxon = Centroid, Abundance = Normalized.reads, sample.name = barcode, transformation = "none") |>
monoMDS() -> centroid_nmds## Cargando paquete requerido: rlang##
## Adjuntando el paquete: 'rlang'## The following objects are masked from 'package:purrr':
##
## %@%, flatten, flatten_chr, flatten_dbl, flatten_int, flatten_lgl,
## flatten_raw, invoke, splice## [1] "Calculating eDNAindex directly"## Joining with `by = join_by(barcode, Centroid)`centroid_nmds$points |>
as.data.frame() |>
rownames_to_column("barcode") |>
inner_join(metadata) |>
ggplot(aes(x = MDS1, y = MDS2, color = Site)) +
geom_point()+
coord_equal()## Joining with `by = join_by(barcode)`
Y lo mismo con las cosas identificadas taxonomicamente
taxa_good_id |>
eDNAindex(Sample_column = barcode, OTU_column = consensus, Counts_column = nReads) |>
tibble_to_matrix(taxon = consensus, Abundance = Normalized.reads, sample.name = barcode, transformation = "none") |>
monoMDS() -> taxa_nmds## [1] "Calculating eDNAindex directly"## Joining with `by = join_by(barcode, consensus)`taxa_nmds$points |>
as.data.frame() |>
rownames_to_column("barcode") |>
inner_join(metadata) |>
ggplot(aes(x = MDS1, y = MDS2, color = Site)) +
geom_point()+
coord_equal()## Joining with `by = join_by(barcode)`
Asi que al menos estas cosas se parecen entre ellas :). Probablemente la
muestra de Bustarviejo que aparece en la parte de abjo del MDS sea la
que tenga tan pocas secuencias que ni siquiera sea representativa.
En este caso no tenemos una pregunta biológica/ecológica mas allá de la caracterización de los sitios. Con el tiempo estableceremos una serie temporal que estudiantes de años venideros podrán usar en este mismo Máster.
Ahora vamos a usar esta información para describir cada uno de los sitios en los que hemos muestreado (hemos, hemos… la verdad es que fue Belén la que muestreó). Belén nos describe aquí los sitios
Bustarviejo:
Es un arroyo que sale de la bocamina principal de una antigua mina de plata en el término municipal, pero fuera de la población. El agua salía de la bocamina a pH 4, con niveles no altísimos, pero apreciables, de metales (hierro, níquel, cobre, y un poco de plomo y plata), y bastante arsénico, que se detecta en realidad más abajo, cuando caen los niveles de Fe. En el arroyo, según baja, salen bastantes juncos y ciperáceas. Sin embargo, los briófitos se ven dañados. Al principio no hay casi ninguno, y luego salen comunidades de 1-2 especies. Eso sí, salen unas euglenas de escándalo, junto con otras algas indicadoras de metales pesados, como Ulothrix y Microspora.
Bustarviejo
taxa_good_id |>
inner_join(metadata) |>
filter (Site == "Bustarviejo") |>
filter (Sample!= "Site_01_a_rep3") |>
group_by(consensus ) |>
summarise(prevalence = n()/5, nR = sum(nReads)) |>
arrange (desc(consensus)) |>
separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |>
kable() |>
kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |>
collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |>
scroll_box(height = "500px")| kingdom | phylum | class | order | family | genus | species | prevalence | nR |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Viridiplantae | Streptophyta | Pinopsida | Pinales | Pinaceae | Pinus | Pinus elliottii | 0.6 | 6 |
| Pinopsida | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 10 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 109 | ||
| Marchantiopsida | Marchantiales | Aytoniaceae | Reboulia | Reboulia hemisphaerica | 0.2 | 4 | ||
| Magnoliopsida | NA | NA | NA | NA | 0.4 | 2 | ||
| Magnoliopsida | Cucurbitales | Cucurbitaceae | Cephalopentandra | Cephalopentandra ecirrhosa | 0.6 | 41 | ||
| Klebsormidiophyceae | Klebsormidiales | NA | Streptofilum | Streptofilum capillatum | 0.2 | 1 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.8 | 545 | |
| Chlorophyta | Ulvophyceae | Ulotrichales | Ulotrichaceae | Ulothrix | Ulothrix zonata | 0.4 | 3 | |
| Ulvophyceae | Ulotrichales | NA | NA | NA | 0.6 | 27 | ||
| Ulvophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.8 | 21 | ||
| Trebouxiophyceae | Trebouxiales | Trebouxiaceae | Myrmecia | Myrmecia biatorellae | 0.4 | 9 | ||
| Trebouxiophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 5 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 7432 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Selenastraceae | Kirchneriella | Kirchneriella obesa | 0.6 | 6 | ||
| Chlorophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 1170 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Volvocaceae | Hamakko | Hamakko caudatus | 0.8 | 17 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Spondylomoraceae | Pascherina | Pascherina tetras | 0.2 | 1 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | NA | NA | NA | 1.0 | 153647 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | NA | Coleochlamys | Coleochlamys oleifera | 1.0 | 839 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | Chlamydomonas | Chlamydomonas noctigama | 0.8 | 997 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | Carteria | Carteria radiosa | 1.0 | 58 | ||
| NA | Tubulinea | Elardia | Euamoebida | Amoebidae | Chaos | Chaos carolinense | 0.6 | 12 |
| NA | Ichthyosporea | Ichthyophonida | NA | Anurofeca | Anurofeca richardsi | 0.2 | 1 | |
| Dinophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 148 | ||
| Dinophyceae | Gymnodiniales | Gymnodiniaceae | NA | NA | 0.2 | 1 | ||
| Dinophyceae | Gonyaulacales | Ceratiaceae | Ceratium | Ceratium hirundinella | 0.4 | 5 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | NA | NA | NA | 1.0 | 17 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | NA | NA | 0.4 | 3 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | Geminigera | Geminigera cryophila | 1.0 | 57 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Chroomonadaceae | Komma | Komma caudata | 0.6 | 4 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | Urgorri | Urgorri complanatus | 0.4 | 3 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 49 | ||
| Cryptophyceae | Kathablepharidacea | Katablepharidaceae | Leucocryptos | Leucocryptos marina | 0.2 | 1 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Hemiselmidaceae | Hemiselmis | Hemiselmis rufescens | 0.4 | 2 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Cryptomonadaceae | Cryptomonas | Cryptomonas pyrenoidifera | 1.0 | 217 | ||
| Chrysophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 64 | ||
| Chrysophyceae | Hydrurales | Hydruraceae | Chrysonebula | Chrysonebula flava | 0.4 | 2 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas longispina | 0.2 | 1 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas imperforata | 0.4 | 5 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas bandaiensis | 0.2 | 44 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | NA | 0.2 | 1 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | NA | NA | NA | 0.4 | 2 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Dinobryaceae | Dinobryon | Dinobryon sertularia | 0.4 | 4 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chrysolepidomonadaceae | Chrysolepidomonas | Chrysolepidomonas dendrolepidota | 0.2 | 5 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chromulinaceae | Ochromonas | Ochromonas tuberculata | 0.6 | 10 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chromulinaceae | Cyclonexis | Cyclonexis annularis | 0.2 | 51 | ||
| Choanoflagellata | Craspedida | Salpingoecidae | Monosiga | Monosiga ovata | 0.2 | 12 | ||
| Choanoflagellata | Acanthoecida | Stephanoecidae | Diaphanoeca | Diaphanoeca grandis | 0.2 | 5 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Nerada | Nerada mexicana | 0.4 | 79 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | NA | NA | 0.6 | 16 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Filos | Filos agilis | 0.2 | 1 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | NA | NA | NA | 0.2 | 1 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Bicosoecidae | Bicosoeca | Bicosoeca petiolata | 0.2 | 1 | ||
| Haptophyta | NA | Prymnesiales | NA | Chrysocampanula | Chrysocampanula spinifera | 0.2 | 4 | |
| Euglenozoa | Kinetoplastea | Neobodonida | NA | Neobodo | Neobodo designis | 0.4 | 2 | |
| Kinetoplastea | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 74 | ||
| Euglenida | Petalomonadida | Scytomonadidae | Petalomonas | Petalomonas sphagnophila | 0.2 | 37 | ||
| Euglenida | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 149 | ||
| Euglenida | Euglenales | Phacaceae | Phacus | Phacus mariae | 1.0 | 9 | ||
| Euglenida | Euglenales | NA | NA | NA | 1.0 | 116 | ||
| Endomyxa | NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Vernalophrys | Vernalophrys algivore | 0.6 | 6 | |
| NA | Vampyrellida | Leptophryidae | NA | NA | 0.2 | 4 | ||
| NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Arachnula | Arachnula impatiens | 0.2 | 1 | ||
| Discosea | Flabellinia | Dactylopodida | Paramoebidae | Korotnevella | Korotnevella stella | 0.2 | 2 | |
| Ciliophora | Spirotrichea | Urostylida | Urostylidae | Uroleptus | Uroleptus stueberi | 0.2 | 1 | |
| Spirotrichea | Stichotrichida | Parabirojimidae | Parabirojimia | Parabirojimia similis | 1.0 | 183 | ||
| Spirotrichea | Stichotrichida | Parabirojimidae | Parabirojimia | NA | 0.2 | 1 | ||
| Spirotrichea | Stichotrichida | Epiclintidae | Epiclintes | Epiclintes auricularis | 0.2 | 2 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | Oxytricha | Oxytricha paragranulifera | 0.4 | 7 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | NA | NA | 0.2 | 6 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | Strombidium | Strombidium paracapitatum | 0.2 | 1 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | NA | NA | 0.6 | 51 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | Limnostrombidium | Limnostrombidium viride | 0.8 | 28 | ||
| Spirotrichea | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 2126 | ||
| Spirotrichea | Euplotida | Euplotidae | Euplotes | NA | 0.2 | 1 | ||
| Spirotrichea | Euplotida | Euplotidae | Euplotes | Euplotes eurystomus | 0.4 | 6 | ||
| Prostomatea | Prorodontida | Colepidae | Coleps | Coleps spetai | 0.6 | 5 | ||
| Oligohymenophorea | Pleuronematida | Cyclidiidae | Protocyclidium | Protocyclidium sinica | 0.2 | 12 | ||
| Oligohymenophorea | Peniculida | Parameciidae | Paramecium | Paramecium bursaria | 0.2 | 3 | ||
| Oligohymenophorea | Peniculida | Lembadionidae | Lembadion | Lembadion bullinum | 0.4 | 3 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 46 | ||
| Litostomatea | Haptorida | NA | NA | NA | 0.2 | 1 | ||
| Armophorea | Metopida | Apometopidae | Urostomides | Urostomides striatus | 0.4 | 4 | ||
| Cercozoa | Thecofilosea | Cryomonadida | NA | NA | NA | 0.2 | 2 | |
| Imbricatea | Spongomonadida | Spongomonadidae | Spongomonas | Spongomonas minima | 0.2 | 4 | ||
| Imbricatea | NA | NA | NA | NA | 0.4 | 2 | ||
| Bacillariophyta | NA | NA | NA | NA | NA | 0.8 | 17 | |
| Fragilariophyceae | Licmophorales | Ulnariaceae | Ulnaria | NA | 0.2 | 2 | ||
| Coscinodiscophyceae | Thalassiosirales | NA | NA | NA | 0.2 | 1 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Naviculaceae | Navicula | NA | 0.2 | 1 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Naviculaceae | NA | NA | 0.4 | 4 | ||
| Bacillariophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.2 | 1 | ||
| Bacillariophyceae | Cocconeidales | Achnanthidiaceae | Lemnicola | Lemnicola hungarica | 0.4 | 4 | ||
| Bacillariophyceae | Bacillariales | Bacillariaceae | Nitzschia | Nitzschia dissipata | 0.2 | 1 | ||
| Apicomplexa | Conoidasida | Eugregarinorida | Gregarinidae | Gregarina | Gregarina blattarum | 0.2 | 1 | |
| Metazoa | Rotifera | Eurotatoria | Ploima | Proalidae | Proales | Proales similis | 0.2 | 1 |
| Platyhelminthes | Catenulida | NA | Stenostomidae | Stenostomum | NA | 0.8 | 13 | |
| Nematoda | Enoplea | Triplonchida | Tobrilidae | NA | NA | 0.2 | 1 | |
| Chromadorea | Plectida | Plectidae | NA | NA | 0.8 | 2390 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.8 | 87 | |
| Mollusca | Cephalopoda | NA | NA | NA | NA | 0.2 | 3 | |
| Gastrotricha | NA | Chaetonotida | NA | NA | NA | 0.2 | 1 | |
| NA | Chaetonotida | Chaetonotidae | NA | NA | 0.2 | 1 | ||
| Chordata | NA | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 28 | |
| Mammalia | Eulipotyphla | Erinaceidae | Erinaceus | Erinaceus europaeus | 0.2 | 13 | ||
| Arthropoda | NA | NA | NA | NA | NA | 0.4 | 7 | |
| Insecta | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 28 | ||
| Hexanauplia | NA | NA | NA | NA | 0.2 | 1 | ||
| Collembola | Symphypleona | Sminthurididae | Sminthurides | Sminthurides aquaticus | 1.0 | 122 | ||
| Collembola | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 745 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | NA | NA | NA | 1.0 | 10 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | Chydorus | Chydorus sphaericus | 0.2 | 4 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Bosminidae | Bosmina | Bosmina longirostris | 0.4 | 35 | ||
| Arachnida | Trombidiformes | Demodicidae | Demodex | Demodex folliculorum | 0.2 | 1 | ||
| Arachnida | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 7 | ||
| Annelida | Clitellata | Tubificida | Naididae | NA | NA | 0.4 | 48 | |
| Clitellata | NA | NA | NA | NA | 0.4 | 3 | ||
| Fungi | Zoopagomycota | Zoopagomycetes | Zoopagales | Zoopagaceae | Acaulopage | Acaulopage tetraceros | 0.2 | 36 |
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 434 | |
| Basidiomycota | Tremellomycetes | Trichosporonales | Trichosporonaceae | Cutaneotrichosporon | Cutaneotrichosporon curvatum | 0.2 | 3 | |
| Tremellomycetes | NA | NA | NA | NA | 0.8 | 123 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0 | 75 | ||
| Agaricomycetes | NA | NA | NA | NA | 0.6 | 32 | ||
| Ascomycota | Saccharomycetes | Saccharomycetales | NA | NA | NA | 0.4 | 5 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.8 | 20 |
Cantera de Cerceda:
La antigua cantera está cerca de El Boalo. Está rellena de agua, y suele dar buena “cosecha algal”. Está pegada a una urbanización (Las Praderas), y por ahí van los lugareños a pasear el perro. También los ves en la cantera merendando e incluso pescando. En una de las fotos, de hecho, se ve un pescador con su caña.
Cerceda
taxa_good_id |>
inner_join(metadata) |>
filter (Site == "Cantera_Cerceda") |>
group_by(consensus ) |>
summarise(prevalence = n()/6, nR = sum(nReads)) |>
arrange (desc(consensus)) |>
separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |>
kable() |>
kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |>
collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |>
scroll_box(height = "500px")| kingdom | phylum | class | order | family | genus | species | prevalence | nR |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Viridiplantae | Streptophyta | Zygnemophyceae | Zygnematales | Mesotaeniaceae | Tortitaenia | Tortitaenia obscura | 0.3333333 | 2 |
| Zygnemophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Pinopsida | Pinales | Pinaceae | Pinus | Pinus elliottii | 0.3333333 | 17 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.5000000 | 4 | ||
| Marchantiopsida | Marchantiales | Aytoniaceae | Reboulia | Reboulia hemisphaerica | 0.1666667 | 1 | ||
| Klebsormidiophyceae | Klebsormidiales | NA | Streptofilum | Streptofilum capillatum | 0.8333333 | 21 | ||
| Bryopsida | Hypnales | Fontinalaceae | Fontinalis | Fontinalis antipyretica | 0.1666667 | 9 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 198 | |
| Chlorophyta | Ulvophyceae | Ulotrichales | Ulotrichaceae | Ulothrix | Ulothrix zonata | 1.0000000 | 426 | |
| Ulvophyceae | Ulotrichales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 294 | ||
| Ulvophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 2171 | ||
| Trebouxiophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.5000000 | 4 | ||
| Trebouxiophyceae | Chlorellales | NA | NA | NA | 0.3333333 | 2 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 1350 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Selenastraceae | Monoraphidium | NA | 0.1666667 | 2 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Selenastraceae | Kirchneriella | Kirchneriella obesa | 0.3333333 | 3 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Neochloridaceae | Neochloris | Neochloris aquatica | 1.0000000 | 1234 | ||
| Chlorophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 18 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Spondylomoraceae | Pascherina | Pascherina tetras | 0.1666667 | 1 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 293 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | Carteria | Carteria radiosa | 0.5000000 | 5 | ||
| NA | Oomycota | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 33 |
| NA | Synurophyceae | Synurales | Mallomonadaceae | Mallomonas | NA | 0.1666667 | 1 | |
| NA | NA | Alphamonaceae | Alphamonas | Alphamonas edax | 0.5000000 | 4 | ||
| Dinophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 1012 | ||
| Dinophyceae | Gonyaulacales | Ceratiaceae | Ceratium | NA | 1.0000000 | 41 | ||
| Dinophyceae | Gonyaulacales | Ceratiaceae | Ceratium | Ceratium hirundinella | 0.5000000 | 5 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Pyrenomonadaceae | Rhodomonas | Rhodomonas maculata | 1.0000000 | 65 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 40 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | Teleaulax | Teleaulax amphioxeia | 1.0000000 | 94 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | NA | NA | 0.1666667 | 3 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | Geminigera | Geminigera cryophila | 1.0000000 | 26 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | Urgorri | Urgorri complanatus | 1.0000000 | 2602 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 948 | ||
| Cryptophyceae | Kathablepharidacea | Katablepharidaceae | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Cryptophyceae | Cyathomonadacea | Goniomonadaceae | Goniomonas | Goniomonas pacifica | 0.6666667 | 8 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Hemiselmidaceae | Hemiselmis | Hemiselmis virescens | 0.1666667 | 1 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Hemiselmidaceae | Hemiselmis | Hemiselmis rufescens | 0.3333333 | 46 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Cryptomonadaceae | Cryptomonas | Cryptomonas pyrenoidifera | 1.0000000 | 555 | ||
| Chrysophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 33 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas longispina | 0.1666667 | 2 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas imperforata | 0.5000000 | 3 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas bandaiensis | 0.8333333 | 56 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Oikomonadaceae | Oikomonas | Oikomonas mutabilis | 0.1666667 | 29 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | NA | NA | NA | 0.5000000 | 13 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chrysolepidomonadaceae | Chrysolepidomonas | Chrysolepidomonas dendrolepidota | 1.0000000 | 65 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chromulinaceae | Ochromonas | Ochromonas tuberculata | 1.0000000 | 521 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chromulinaceae | Cyclonexis | Cyclonexis annularis | 0.1666667 | 1 | ||
| Choanoflagellata | Craspedida | Salpingoecidae | Monosiga | Monosiga ovata | 1.0000000 | 22 | ||
| Choanoflagellata | Craspedida | Salpingoecidae | Codosiga | Codosiga hollandica | 0.1666667 | 7 | ||
| Choanoflagellata | Acanthoecida | Stephanoecidae | Stephanoeca | Stephanoeca diplocostata | 0.6666667 | 7 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Nerada | Nerada mexicana | 0.3333333 | 23 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | NA | NA | 0.1666667 | 2 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Filos | Filos agilis | 0.1666667 | 48 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | NA | NA | NA | 0.1666667 | 77 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Bicosoecidae | Bicosoeca | Bicosoeca petiolata | 0.5000000 | 5 | ||
| Euglenozoa | Euglenida | Petalomonadida | Scytomonadidae | Petalomonas | Petalomonas sphagnophila | 0.1666667 | 1 | |
| Euglenida | Euglenales | Phacaceae | Phacus | Phacus mariae | 1.0000000 | 195 | ||
| Euglenida | Euglenales | Phacaceae | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Euglenida | Euglenales | NA | Colacium | Colacium vesiculosum | 0.3333333 | 4 | ||
| Endomyxa | NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Vernalophrys | Vernalophrys algivore | 1.0000000 | 1233 | |
| NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Arachnula | Arachnula impatiens | 0.8333333 | 60 | ||
| Ciliophora | Spirotrichea | Urostylida | Urostylidae | Uroleptus | Uroleptus stueberi | 0.5000000 | 5 | |
| Spirotrichea | Stichotrichida | Spirofilidae | Strongylidium | Strongylidium orientale | 0.5000000 | 4 | ||
| Spirotrichea | Stichotrichida | Parabirojimidae | Parabirojimia | Parabirojimia similis | 1.0000000 | 42 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | Oxytricha | Oxytricha paragranulifera | 0.8333333 | 21 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | Oxytricha | NA | 0.1666667 | 2 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | NA | NA | 0.5000000 | 16 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | Novistrombidium | Novistrombidium orientale | 0.5000000 | 3 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | NA | NA | 1.0000000 | 2172 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | Limnostrombidium | Limnostrombidium viride | 1.0000000 | 2523 | ||
| Spirotrichea | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 1696 | ||
| Spirotrichea | Euplotida | Euplotidae | Euplotes | Euplotes eurystomus | 0.5000000 | 7 | ||
| Spirotrichea | Choreotrichida | NA | NA | NA | 0.6666667 | 24 | ||
| Prostomatea | Prorodontida | Colepidae | NA | NA | 0.8333333 | 19 | ||
| Prostomatea | Prorodontida | Colepidae | Coleps | Coleps spetai | 0.5000000 | 9 | ||
| Oligohymenophorea | Sessilida | NA | NA | NA | 0.5000000 | 3 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 151 | ||
| Litostomatea | Haptorida | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Cercozoa | Thecofilosea | Cryomonadida | Rhogostomidae | Sacciforma | Sacciforma sacciformis | 1.0000000 | 158 | |
| Thecofilosea | Cryomonadida | Protaspidae | Cryothecomonas | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.5000000 | 3 | ||
| NA | Cercomonadida | Cercomonadidae | NA | NA | 0.3333333 | 4 | ||
| Imbricatea | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Bacillariophyta | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 405 | |
| Mediophyceae | Cymatosirales | Cymatosiraceae | Brockmanniella | Brockmanniella brockmannii | 0.1666667 | 1 | ||
| Fragilariophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 12 | ||
| Fragilariophyceae | Licmophorales | Ulnariaceae | Ulnaria | Ulnaria ulna | 0.5000000 | 5 | ||
| Fragilariophyceae | Licmophorales | Ulnariaceae | Ulnaria | Ulnaria acus | 1.0000000 | 238 | ||
| Fragilariophyceae | Licmophorales | Ulnariaceae | Ulnaria | NA | 0.6666667 | 19 | ||
| Coscinodiscophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.8333333 | 17 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Naviculaceae | Navicula | NA | 0.6666667 | 4 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Naviculaceae | NA | NA | 1.0000000 | 40 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | NA | NA | NA | 0.1666667 | 39 | ||
| Bacillariophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.8333333 | 15 | ||
| Bacillariophyceae | Cocconeidales | Achnanthidiaceae | Lemnicola | Lemnicola hungarica | 0.1666667 | 2 | ||
| Apicomplexa | Conoidasida | Archigregarinorida | Selenidiidae | Selenidium | Selenidium terebellae | 0.6666667 | 11 | |
| Metazoa | Rotifera | Eurotatoria | Ploima | Proalidae | Proales | Proales similis | 0.3333333 | 2 |
| Eurotatoria | Ploima | Brachionidae | Brachionus | Brachionus calyciflorus | 0.1666667 | 1 | ||
| Eurotatoria | NA | NA | NA | NA | 0.6666667 | 16 | ||
| Platyhelminthes | Catenulida | NA | Stenostomidae | Stenostomum | NA | 0.6666667 | 9 | |
| Nematoda | Enoplea | Triplonchida | Tobrilidae | Eutobrilus | Eutobrilus nothus | 0.1666667 | 1 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 79 | |
| Gastrotricha | NA | Chaetonotida | NA | NA | NA | 0.3333333 | 7 | |
| Cnidaria | Anthozoa | Scleractinia | Mussidae | Mycetophyllia | Mycetophyllia danaana | 1.0000000 | 27 | |
| Arthropoda | NA | NA | NA | NA | NA | 0.5000000 | 120 | |
| Branchiopoda | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | NA | NA | NA | 0.3333333 | 2 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Macrotrichidae | Acantholeberis | Acantholeberis curvirostris | 0.3333333 | 114 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | NA | NA | 0.5000000 | 33 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | Chydorus | Chydorus sphaericus | 0.8333333 | 144 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | Anchistropus | Anchistropus emarginatus | 0.5000000 | 48 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Bosminidae | Bosmina | Bosmina longirostris | 0.3333333 | 41 | ||
| Annelida | Clitellata | Tubificida | Naididae | NA | NA | 0.5000000 | 8 | |
| Clitellata | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 3 | ||
| Clitellata | Hirudinida | Orobdellidae | Orobdella | Orobdella tsushimensis | 0.1666667 | 30 | ||
| Fungi | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 114 |
| Mucoromycota | Umbelopsidomycetes | Umbelopsidales | Umbelopsidaceae | Umbelopsis | Umbelopsis isabellina | 0.1666667 | 1 | |
| Chytridiomycota | NA | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 9 | |
| Monoblepharidomycetes | Monoblepharidales | Monoblepharidaceae | Monoblepharis | Monoblepharis insignis | 0.1666667 | 1 | ||
| Chytridiomycetes | Rhizophydiales | Rhizophydiaceae | Rhizophydium | Rhizophydium planktonicum | 1.0000000 | 16 | ||
| Chytridiomycetes | Chytridiales | Chytriomycetaceae | Entophlyctis | Entophlyctis helioformis | 0.1666667 | 2 | ||
| Basidiomycota | Tremellomycetes | Trichosporonales | Trichosporonaceae | Cutaneotrichosporon | Cutaneotrichosporon curvatum | 0.1666667 | 15 | |
| Tremellomycetes | Tremellales | Cuniculitremaceae | Kockovaella | NA | 0.5000000 | 4 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 5 | ||
| Ascomycota | Saccharomycetes | Saccharomycetales | NA | NA | NA | 0.1666667 | 16 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 4 |
Fuente de las Ermitas: Manzanares el Real
Parece que es del siglo XVI, restaurada varias veces, la última en
2021 (creo). Hay una fuente y un depósito conectados por un
reguerillo.Está en la carretera que atraviesa el pueblo, en pleno casco,
junto a una gasolinera. 
taxa_good_id |>
inner_join(metadata) |>
filter (Site == "Fuente de las Ermitas") |>
group_by(consensus ) |>
summarise(prevalence = n()/6, nR = sum(nReads)) |>
arrange (desc(consensus)) |>
separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |>
kable() |>
kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |>
collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |>
scroll_box(height = "500px")## Joining with `by = join_by(barcode)`| kingdom | phylum | class | order | family | genus | species | prevalence | nR |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Viridiplantae | Streptophyta | Pinopsida | Pinales | Pinaceae | Pinus | Pinus elliottii | 0.1666667 | 1 |
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Klebsormidiophyceae | Klebsormidiales | NA | Streptofilum | Streptofilum capillatum | 0.1666667 | 1 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 57 | |
| Chlorophyta | Ulvophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 2 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 79 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | NA | NA | NA | 0.1666667 | 21 | ||
| Chlorophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 54 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | Chlamydomonas | Chlamydomonas noctigama | 0.1666667 | 1 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | Carteria | Carteria radiosa | 0.3333333 | 54 | ||
| NA | Tubulinea | Elardia | Euamoebida | Amoebidae | Chaos | Chaos carolinense | 0.1666667 | 12 |
| NA | Dinophyceae | Thoracosphaerales | Thoracosphaeraceae | Thoracosphaera | Thoracosphaera heimii | 0.1666667 | 1 | |
| Dinophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 2 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | NA | NA | NA | 0.3333333 | 2 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | Teleaulax | Teleaulax amphioxeia | 0.1666667 | 1 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | Geminigera | Geminigera cryophila | 0.1666667 | 1 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | Urgorri | Urgorri complanatus | 0.1666667 | 2 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.6666667 | 21 | ||
| Cryptophyceae | Kathablepharidacea | Katablepharidaceae | NA | NA | 0.1666667 | 4 | ||
| Cryptophyceae | Kathablepharidacea | Katablepharidaceae | Leucocryptos | Leucocryptos marina | 0.3333333 | 10 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Hemiselmidaceae | Hemiselmis | Hemiselmis rufescens | 0.1666667 | 78 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Cryptomonadaceae | Cryptomonas | Cryptomonas pyrenoidifera | 1.0000000 | 47 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas longispina | 0.1666667 | 16 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas imperforata | 0.3333333 | 3 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas bandaiensis | 0.1666667 | 2 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | NA | NA | NA | 0.8333333 | 32 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chrysolepidomonadaceae | Chrysolepidomonas | Chrysolepidomonas dendrolepidota | 0.1666667 | 1 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chromulinaceae | Ochromonas | Ochromonas tuberculata | 0.8333333 | 12 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Nerada | Nerada mexicana | 0.8333333 | 333 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Filos | Filos agilis | 0.5000000 | 19 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | NA | NA | NA | 0.8333333 | 8 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Cafeteriaceae | Pseudobodo | Pseudobodo tremulans | 0.1666667 | 17 | ||
| Euglenozoa | Euglenida | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | |
| Euglenida | Euglenales | Phacaceae | Phacus | Phacus mariae | 0.5000000 | 48 | ||
| Endomyxa | NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Vernalophrys | Vernalophrys algivore | 0.1666667 | 1 | |
| NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Arachnula | Arachnula impatiens | 0.1666667 | 1 | ||
| Ciliophora | Spirotrichea | Urostylida | Urostylidae | Uroleptus | Uroleptus stueberi | 1.0000000 | 87 | |
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | Oxytricha | Oxytricha paragranulifera | 0.6666667 | 6 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Gonostomatidae | Gonostomum | Gonostomum strenuum | 0.3333333 | 2 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | NA | NA | 0.3333333 | 2 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | Limnostrombidium | Limnostrombidium viride | 0.6666667 | 12 | ||
| Spirotrichea | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 37918 | ||
| Spirotrichea | Euplotida | Euplotidae | Euplotes | NA | 1.0000000 | 56 | ||
| Spirotrichea | Euplotida | Euplotidae | Euplotes | Euplotes eurystomus | 0.8333333 | 15 | ||
| Prostomatea | Prorodontida | Colepidae | Coleps | Coleps spetai | 0.1666667 | 6 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 0.8333333 | 38 | ||
| Armophorea | Metopida | Apometopidae | Urostomides | Urostomides striatus | 0.1666667 | 1 | ||
| Bacillariophyta | NA | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 5 | |
| Coscinodiscophyceae | Thalassiosirales | NA | NA | NA | 0.3333333 | 6 | ||
| Coscinodiscophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Naviculaceae | NA | NA | 0.3333333 | 2 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | NA | NA | NA | 0.1666667 | 3 | ||
| Bacillariophyceae | Cocconeidales | Achnanthidiaceae | Lemnicola | Lemnicola hungarica | 0.1666667 | 1 | ||
| Metazoa | Platyhelminthes | Catenulida | NA | Stenostomidae | Stenostomum | NA | 0.1666667 | 2 |
| Nematoda | Enoplea | Triplonchida | Tobrilidae | NA | NA | 0.1666667 | 1 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.5000000 | 66 | |
| Gastrotricha | NA | Chaetonotida | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | |
| Arthropoda | NA | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 12 | |
| Branchiopoda | Diplostraca | NA | NA | NA | 0.3333333 | 12 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | Oxyurella | Oxyurella longicaudis | 0.1666667 | 1 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | Chydorus | Chydorus sphaericus | 0.1666667 | 99 | ||
| Annelida | Clitellata | Tubificida | Naididae | NA | NA | 0.3333333 | 3 | |
| Clitellata | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Fungi | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 3 |
| Basidiomycota | Tremellomycetes | Trichosporonales | Trichosporonaceae | Cutaneotrichosporon | Cutaneotrichosporon curvatum | 0.1666667 | 1 |
Pilón: Manzanares el Real
El otro pilón de Manzanares está en una vía pecuaria. En realidad, lo ves junto a la carretera, y el tránsito es constante, hay que jugarse un poco la vida para cruzar. Todo eso verde que se ve en el agua es la lenteja de agua (Lemna sp.), que estaba cubriendo toda la superficie. Aun así, salieron alguitas interesantes. Suele haber bastantes caracoles también.
Pilon Manzanares
taxa_good_id |>
inner_join(metadata) |>
filter (Site == "Pilon Manzanares") |>
group_by(consensus ) |>
summarise(prevalence = n()/6, nR = sum(nReads)) |>
arrange (desc(consensus)) |>
separate(consensus, into = c("kingdom", "phylum", "class", "order", "family", "genus", "species"), sep = "%") |>
kable() |>
kable_styling(bootstrap_options = "striped", fixed_thead = T, ) |>
collapse_rows(columns = 1:2, valign = "top") |>
scroll_box(height = "500px")## Joining with `by = join_by(barcode)`| kingdom | phylum | class | order | family | genus | species | prevalence | nR |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Viridiplantae | Streptophyta | Zygnemophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 |
| Zygnemophyceae | Desmidiales | Closteriaceae | Closterium | Closterium acerosum | 0.1666667 | 17 | ||
| Polypodiopsida | Salviniales | Marsileaceae | Marsilea | Marsilea schelpeana | 0.6666667 | 20 | ||
| Pinopsida | Pinales | Pinaceae | Pinus | Pinus elliottii | 0.3333333 | 2 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 120 | ||
| Marchantiopsida | Sphaerocarpales | Sphaerocarpaceae | Sphaerocarpos | Sphaerocarpos donnellii | 0.3333333 | 8 | ||
| Marchantiopsida | Marchantiales | Aytoniaceae | Reboulia | Reboulia hemisphaerica | 0.1666667 | 1 | ||
| Magnoliopsida | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 104 | ||
| Magnoliopsida | Alismatales | Araceae | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 698 | |
| Chlorophyta | Ulvophyceae | Ulotrichales | Ulotrichaceae | Ulothrix | Ulothrix zonata | 0.3333333 | 2 | |
| Ulvophyceae | Ulotrichales | NA | NA | NA | 0.8333333 | 79 | ||
| Ulvophyceae | Scotinosphaerales | Scotinosphaeraceae | Scotinosphaera | Scotinosphaera lemnae | 1.0000000 | 85 | ||
| Ulvophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 186 | ||
| Trebouxiophyceae | NA | NA | Picochlorum | Picochlorum atomus | 0.6666667 | 17 | ||
| Trebouxiophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 896 | ||
| Trebouxiophyceae | Chlorellales | Chlorellaceae | Chlorella | Chlorella sorokiniana | 1.0000000 | 487 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 1710 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Selenastraceae | Kirchneriella | Kirchneriella obesa | 1.0000000 | 17 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Scenedesmaceae | Tetradesmus | Tetradesmus distendus | 1.0000000 | 50 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Scenedesmaceae | Desmodesmus | Desmodesmus baconii | 0.1666667 | 2 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Neochloridaceae | Neochloris | Neochloris aquatica | 0.1666667 | 1 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | Neochloridaceae | Characiopodium | Characiopodium hindakii | 0.8333333 | 16 | ||
| Chlorophyceae | Sphaeropleales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 38 | ||
| Chlorophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 269 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 252 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | NA | Coleochlamys | Coleochlamys oleifera | 0.1666667 | 1 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlorococcaceae | Chlorococcum | Chlorococcum elkhartiense | 1.0000000 | 226 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | NA | NA | 0.6666667 | 47 | ||
| Chlorophyceae | Chlamydomonadales | Chlamydomonadaceae | Carteria | Carteria radiosa | 0.3333333 | 22 | ||
| NA | Rhodophyta | Stylonematophyceae | Stylonematales | Stylonemataceae | Stylonema | Stylonema alsidii | 0.6666667 | 17 |
| Oomycota | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 77 | |
| NA | Synurophyceae | Synurales | Synuraceae | Chrysosphaerella | Chrysosphaerella rotundata | 1.0000000 | 118 | |
| NA | Rotosphaerida | Nucleariidae | Nuclearia | NA | 1.0000000 | 355 | ||
| NA | NA | Alphamonaceae | Alphamonas | Alphamonas edax | 1.0000000 | 807 | ||
| Ichthyosporea | Ichthyophonida | NA | Anurofeca | Anurofeca richardsi | 0.8333333 | 17 | ||
| Eustigmatophyceae | Eustigmatales | Monodopsidaceae | Nannochloropsis | NA | 0.6666667 | 8 | ||
| Eustigmatophyceae | Eustigmatales | Chlorobotryaceae | NA | NA | 0.8333333 | 13 | ||
| Dinophyceae | NA | NA | NA | NA | 0.8333333 | 43 | ||
| Dinophyceae | Gonyaulacales | Ceratiaceae | Ceratium | Ceratium hirundinella | 0.1666667 | 1 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Pyrenomonadaceae | Rhodomonas | Rhodomonas maculata | 0.3333333 | 2 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 6432 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | Teleaulax | Teleaulax amphioxeia | 0.1666667 | 76 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Geminigeraceae | Geminigera | Geminigera cryophila | 0.1666667 | 1 | ||
| Cryptophyceae | Pyrenomonadales | Chroomonadaceae | Komma | Komma caudata | 1.0000000 | 134 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | Urgorri | Urgorri complanatus | 0.1666667 | 1 | ||
| Cryptophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 139 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Cryptomonadaceae | Cryptomonas | NA | 0.8333333 | 59 | ||
| Cryptophyceae | Cryptomonadales | Cryptomonadaceae | Cryptomonas | Cryptomonas pyrenoidifera | 1.0000000 | 88721 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Paraphysomonadaceae | Paraphysomonas | Paraphysomonas imperforata | 0.1666667 | 1 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 38 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chromulinaceae | Ochromonas | Ochromonas tuberculata | 1.0000000 | 37 | ||
| Chrysophyceae | Chromulinales | Chromulinaceae | Cyclonexis | Cyclonexis annularis | 0.1666667 | 1 | ||
| Choanoflagellata | Craspedida | Salpingoecidae | Salpingoeca | Salpingoeca kvevrii | 0.1666667 | 2 | ||
| Choanoflagellata | Acanthoecida | Stephanoecidae | Stephanoeca | Stephanoeca diplocostata | 0.1666667 | 1 | ||
| Bigyra | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 2 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Paramonas | Paramonas globosa | 0.3333333 | 3 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Nerada | Nerada mexicana | 0.6666667 | 11 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | NA | NA | 1.0000000 | 331 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Siluaniidae | Filos | Filos agilis | 0.8333333 | 47 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | NA | NA | NA | 0.1666667 | 2 | ||
| Bigyra | Bicosoecida | Bicosoecidae | Bicosoeca | Bicosoeca petiolata | 1.0000000 | 33 | ||
| Euglenozoa | Euglenida | Petalomonadida | Scytomonadidae | Petalomonas | Petalomonas sphagnophila | 1.0000000 | 111 | |
| Euglenida | Petalomonadida | Scytomonadidae | NA | NA | 0.8333333 | 69 | ||
| Euglenida | Euglenales | Phacaceae | Phacus | Phacus platyaulax | 1.0000000 | 55 | ||
| Euglenida | Euglenales | Phacaceae | Phacus | Phacus mariae | 0.5000000 | 13 | ||
| Euglenida | Euglenales | Phacaceae | Lepocinclis | Lepocinclis acus | 0.1666667 | 119 | ||
| Euglenida | Euglenales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 48 | ||
| Endomyxa | NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Vernalophrys | Vernalophrys algivore | 0.1666667 | 2 | |
| NA | Vampyrellida | Leptophryidae | Arachnula | Arachnula impatiens | 0.6666667 | 20 | ||
| Ciliophora | Spirotrichea | Urostylida | Urostylidae | Uroleptus | Uroleptus stueberi | 0.3333333 | 2 | |
| Spirotrichea | Stichotrichida | NA | NA | NA | 1.0000000 | 74 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | Oxytricha | Oxytricha paragranulifera | 1.0000000 | 66 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | NA | NA | 0.6666667 | 15 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Oxytrichidae | Cyrtohymena | Cyrtohymena citrina | 1.0000000 | 14 | ||
| Spirotrichea | Sporadotrichida | Gonostomatidae | Gonostomum | Gonostomum strenuum | 0.1666667 | 1 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | NA | NA | 0.8333333 | 12 | ||
| Spirotrichea | NA | Strombidiidae | Limnostrombidium | Limnostrombidium viride | 0.8333333 | 22 | ||
| Spirotrichea | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 1841 | ||
| Spirotrichea | Euplotida | Euplotidae | Euplotes | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Spirotrichea | Euplotida | Euplotidae | Euplotes | Euplotes eurystomus | 0.5000000 | 13 | ||
| Prostomatea | Prorodontida | Colepidae | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Prostomatea | Prorodontida | Colepidae | Coleps | Coleps spetai | 0.5000000 | 10 | ||
| Phyllopharyngea | Chlamydodontida | Chilodonellidae | Chilodonella | Chilodonella uncinata | 1.0000000 | 166 | ||
| Oligohymenophorea | Peniculida | Parameciidae | Paramecium | Paramecium bursaria | 0.8333333 | 24 | ||
| Oligohymenophorea | Peniculida | NA | NA | NA | 0.3333333 | 6 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 48 | ||
| Litostomatea | NA | NA | NA | NA | 0.3333333 | 3 | ||
| Litostomatea | Haptorida | NA | NA | NA | 1.0000000 | 27 | ||
| Bacillariophyta | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 480 | |
| Coscinodiscophyceae | Thalassiosirales | Thalassiosiraceae | Stephanocyclus | Stephanocyclus meneghinianus | 0.6666667 | 13 | ||
| Coscinodiscophyceae | Thalassiosirales | NA | NA | NA | 0.3333333 | 4 | ||
| Coscinodiscophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 188 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Naviculaceae | Navicula | NA | 1.0000000 | 619 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Naviculaceae | NA | NA | 1.0000000 | 615 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | NA | NA | NA | 1.0000000 | 179 | ||
| Bacillariophyceae | Naviculales | Amphipleuraceae | Frustulia | Frustulia crassinervia | 0.1666667 | 1 | ||
| Bacillariophyceae | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 797 | ||
| Bacillariophyceae | Cocconeidales | Achnanthidiaceae | Lemnicola | Lemnicola hungarica | 1.0000000 | 1418 | ||
| Apicomplexa | Conoidasida | NA | NA | NA | NA | 0.5000000 | 8 | |
| Conoidasida | Eugregarinorida | Gregarinidae | Gregarina | Gregarina blattarum | 0.8333333 | 18 | ||
| Conoidasida | Eugregarinorida | Gregarinidae | Amoebogregarina | Amoebogregarina nigra | 0.5000000 | 3 | ||
| Conoidasida | Eucoccidiorida | Cryptosporidiidae | Cryptosporidium | Cryptosporidium baileyi | 0.3333333 | 5 | ||
| Metazoa | Rotifera | Eurotatoria | Ploima | Proalidae | Proales | Proales similis | 1.0000000 | 2155 |
| Eurotatoria | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 65 | ||
| Platyhelminthes | Catenulida | NA | Stenostomidae | Stenostomum | Stenostomum bryophilum | 1.0000000 | 45 | |
| Catenulida | NA | Stenostomidae | Stenostomum | NA | 1.0000000 | 9938 | ||
| Nematoda | Enoplea | Triplonchida | Tobrilidae | Tobrilus | Tobrilus gracilis | 0.1666667 | 1 | |
| Enoplea | Triplonchida | Tobrilidae | NA | NA | 1.0000000 | 367 | ||
| Enoplea | Triplonchida | Tobrilidae | Eutobrilus | Eutobrilus nothus | 0.3333333 | 6 | ||
| Chromadorea | Plectida | Plectidae | NA | NA | 0.5000000 | 3 | ||
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 4782 | |
| Gastrotricha | NA | Chaetonotida | NA | NA | NA | 0.6666667 | 9 | |
| NA | Chaetonotida | Chaetonotidae | NA | NA | 0.1666667 | 2 | ||
| Cnidaria | Anthozoa | NA | NA | NA | NA | 0.6666667 | 10 | |
| Chordata | NA | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | |
| Arthropoda | Ostracoda | Podocopida | Cyprididae | Cypridopsis | NA | 1.0000000 | 55 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 458 | ||
| Malacostraca | Mysida | Mysidae | Archaeomysis | Archaeomysis japonica | 0.5000000 | 3 | ||
| Collembola | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | NA | NA | NA | 1.0000000 | 457 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Macrotrichidae | Acantholeberis | Acantholeberis curvirostris | 0.1666667 | 1 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | Chydorus | Chydorus sphaericus | 0.1666667 | 1 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Chydoridae | Anchistropus | Anchistropus emarginatus | 0.1666667 | 1 | ||
| Branchiopoda | Diplostraca | Bosminidae | Bosmina | Bosmina longirostris | 0.1666667 | 1 | ||
| Arachnida | Trombidiformes | Demodicidae | Demodex | Demodex folliculorum | 0.8333333 | 10 | ||
| Annelida | Clitellata | Tubificida | Naididae | NA | NA | 1.0000000 | 488 | |
| Clitellata | Tubificida | Naididae | Dero | Dero digitata | 0.8333333 | 59 | ||
| Clitellata | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 1325 | ||
| Fungi | Zoopagomycota | Entomophthoromycetes | Entomophthorales | Entomophthoraceae | Furia | Furia neopyralidarum | 0.5000000 | 8 |
| NA | NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 1099 | |
| Basidiomycota | Tremellomycetes | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 2 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 30 | ||
| Microbotryomycetes | NA | NA | NA | NA | 0.1666667 | 1 | ||
| Ascomycota | Saccharomycetes | Saccharomycetales | NA | NA | NA | 0.5000000 | 6 | |
| NA | NA | NA | NA | NA | 1.0000000 | 373 |